Kubah dan menara Masjid melambangkan keagungan Islam sebagai sumber kebenaran yang rahmatan lil ‘alamin yang menaungi segenap umat manusia.
Kubah dan menara masjid yang menjulang ke langit melambangkan visi dan misi YPI Al-Azhar, yaitu menuju lembaga dakwah dan pendidikan Islam terkemuka dan modern.
Warna putih melambangkan YPI Al-Azhar sebagai Yayasan milik umat yang bebas dari pengaruh aliran dan golongan serta berkiprah untuk melayani kepentingan umat.
Lingkaran berwarna biru melambangkan keluasan dan kedalaman ilmu yang harus digali dan dikembangkan melalui kegiatan dakwah dan pendidikan dalam rangka mencari kebenaran yang hakiki.
Garis lingkaran berwarna hitam melambangkan keteguhan YPI Al-Azhar dalam memegang prinsip dan tetap berada dalam koridor akidah dan syari’at Islam yang bersumber kepada Al-Qur’an dan Sunnah Rasul.
Tulisan YAYASAN PESANTREN ISLAM AL-AZHAR melambangkan nama dan identitas yang sah dari YPI Al-Azhar.
